软件标签：MedeA
MedeA是先进的材料探索与设计分析软件，为用户提供多场景的综合解决方案，在各种复杂的场景中，您可以将实验、计算数据等与更先进的现代化的方法和技术优化融合，定制绝佳的解决方案，在专业行业领域内发光发热，提供更专业的多体系多尺度建模以及模拟，以及更高效准确的计算，在友好的工作环境中，各种工具和功能一应俱全，帮助研究人员更轻松地完成实验的辅助和指导以及对观察到的现象进行直观的解释，更容易筛选和过滤，分析和处理不同的对象，深入挖掘探索，加速材料的设计分析和获得更多的发现。
功能特色
1、标准 MedeA 环境包括以下模块：
生成器：实体、曲面、点缺陷、随机替换、聚合物、分子、层
数据库： COD （Crystallography Open Database）
作业控制： Jobserver/Taskserver（基于 Web 的作业控制和作业监控）
计算引擎：LAMMPS 代码
GUI：LAMMPS GUI、图形工作流编辑器
分析：几何、对称、空隙、点缺陷、轨迹、体积
2、计算引擎和相关图形用户界面
MedeA VASP、MedeA VASP GUI – Vienna Ab Initio 仿真包、图形用户界面
MedeA LAMMPS、MedeA LAMMPS GUI – 大规模原子/分子大规模并行模拟器、图形用户界面
MedeA GIBBS、MedeA GIBBS GUI – 用于流体特性预测和流体吸附的大正则蒙特卡洛方法、图形用户界面
MedeA MOPAC， MedeA MOPAC GUI – 用于快速属性预测和筛选的半经验量子化学方法，图形用户界面
MedeA Gaussian GUI – 基于流程图的 GAUSSIAN GUI，一个通用的计算化学软件包
MedeA 提供了几个可选的属性模块，用于属性预测和自动化
3、与 VASP 一起使用的属性模块：
MedeA MT – 机械、热属性
MedeA Phonon – 振动特性和热力学函数
MedeA Electronics – 3D 电子分析、塞贝克系数、电子电导率、有效质量
MedeA 过渡态搜索 – 反应途径和过渡态
MedeA UNCLE – 通用 CLuster 合金化、缺陷、构型无序的扩展
MedeA FFO – 力场优化器，包括 B3LYP 混合
4、与LAMMPS配合使用的属性模块：
MedeA Phonon-振动特性和热力学函数
MedeA MT–机械、热性能
MedeA UNCLE-用于合金化、缺陷、构型紊乱的通用CLuster膨胀
MedeA扩散——扩散系数的自动计算
MedeA导热系数——导热系数的自动计算
MedeA粘度-粘度的自动计算
MedeA表面张力——表面张力的自动计算
MedeA内聚能密度（CED）-内聚能密度的自动计算
MedeA FFO–兵力优化
MedeA沉积——在材料表面自动沉积原子/粒子
5、基于相关性的属性模块：
MedeA P3C——采用Bicerano方法从Correlations获得的聚合物性能
MedeA QT——一个用于统计相关性的交互式工具包
6、建筑商：
MedeA非晶材料生成器-非晶结构、聚合物、热固性材料
MedeA对接-吸附系统
MedeA界面构建器（异质晶体界面和晶界）可作为附加组件提供。
MedeA形态学——晶体形态
7、数据库
MedeA COD GUI–晶体学开放数据库
MedeA ICSD-无机晶体结构数据库
MedeA Pearsons–Pearsons数据库
MedeA Pauling–Pauling数据库
MedeA NCD–NIST晶体数据库
MPDS-数据科学材料平台（基于网络）
材料设计
msipd
NCD_无机
NCD_有机
新功能
MedeA 3.12.0更新
开发者与编辑
微结构构建器
晶界处间隙原子的插入
多块板结构的轻松创建
旋转可以用 hkl 指标来表示
自定义超级单体建造器：如果生成的超级单体是左手的（系统仍在建造中），会发出警告
界面构建器
其中包含一个包含扭转和倾斜两种类型（Σ值最高至Σ13）的重合点晶界模型（CSL）数据库。支持以下晶格类型
模型可以通过指定大小、晶格参数和原子类型（元素）来进行定制
多个晶界模型可以同时构建并保存在结构列表中
构建器既可作为交互式工具，也可以作为流程图阶段使用
面心立方（FCC），
体心立方（BCC），
六边形密堆积（HCP），
简单三次曲线（SC），
岩盐，
锌闪石，
沃尔茨派，
镍矿，以及
萤石
高对称晶界构建器（新）
扰动构建器（NEW）
晶格参数（单元长度和角度）可以被随机扰动
可以为所有或选定的原子设定磁矩
原子位置（x， y， z）可以被随机扰动
磁矩可以被随机扰动
特别适合创建力场拟合和机器学习的训练集
构建器既可作为交互式工具，也可作为流程图阶段使用
非晶材料建造器
检测大循环分子的增强
发动机
VASP
波函数与重启电荷密度
MD延续的最终配置和速度
用于持续即兴训练或改装的训练套装
机器学习力场应用
为降低原子环境信息的复杂度以提高效率，增加了控制措施：元素约化三体描述符和角度描述符
质量评估现已基于溢出因子进行，既应用于应用，也在现场培训中进行
现在，整个训练集使用结构列表，使得这与轨迹文件频率设置无关
MLFF选项的增强帮助文本，含关键词链接
将机器学习力场（MLFF）导出为.frc文件，可用于MedeA LAMMPS模拟
支持通过HDF5文件交换数据
支持来自 libXC 便携式函数库中的交换相关函数（如 libxc.gitlab.io 的函数（DFT、metaGGA 和混合函数）
支持DFT-D4范德华相互作用
访问由libMBD提供的多体离散交互库
新的二进制文件（VASP 6.5.1）提供了额外功能
MLFF增强
流程图改进：
VASP流程图阶段能够访问前一阶段和/或作业的文件，从而提升访问：
核心级能量现已计算并在ListOfResults.sli结构列表中报告
实现了系统无关的非默认用户频段选择
通过为 ScaLAPACK 提供更大灵活性来提升性能
集成的DOS数据及相关参数已被添加到DOS数据中，用于机器学习潜能的训练
增强的自动更正程序，允许用户干预
左手系统被禁止提交，并附有信息警告
相位场
温度随时间的变化是根据热容和热导率的函数计算的
支持材料性质的温度依赖性（体积/晶界扩散、自由能、本征应变）
可以定义边界条件和初始温度情景
分析中支持三维相场结果的可视化
兰姆普斯
支持由VASP即时培训（MLFF）创建的机器学习潜能（MLP）
支持ACE和GRACE（1L/2L）机器学习潜能
提供新的二进制（2025年7月数据）
对非标准取向的应力不确定性评估得到了增强
角度和二面体分布的实时计算
分子旋转半径的实时计算
吉布斯
增强在极大固体系统（单位胞在每个方向多次复制）上的吸收模拟;输出结构仅包含吸附物种
力场
MLPs（多层次管理计划）
LAMMPS支持GRACE 1L和2L MLPs。
VASP生成的MLP（MLFF）可用于VASP和/或LAMMPS
基础（通用）机器学习电位 GRACE-1L-OMAT、GRACE-2L-OMAT、GRACE-1L-OAM 和 GRACE-2L-OAM 可用于 LAMMPS
MLPG
在MLPG模块中，可以启用GRACE电位（1L/2L）的拟合
PCFF+
硼酸、硼酸盐和硅酸盐离子的新参数，结合融合环脂肪族化合物的精细处理
属性模
P3C
温度依赖性质的报告
共聚物性质增强
描述了统计拟合的质量
属性和描述符的表化流程图变量
性质如《高分子性质预测》（Jozef Bicerano）第18章所述：Tg、Td12、aT、密度、cp、溶解度1、g1、参考文献、diel、vpoisson298K、B298K、Eyoung298K Gshear298K、Bf298K、Sy298K、Eavis、PO2、PCO2和Tc。
现在已报告共聚物的比热容（cp）
g1、Eyoung298K、Gshear298K、vpoisson298K、V、B298K、Bf298K 的更新提升了与参考数据的一致性
Td12和EyoungTgp30K的计算得到了改进
温度依赖性质计算已添加到流程图P3C阶段;计算出的温度依赖性图表自动生成
共聚物性质增强
文档更新
高分子专家
PEARL（聚合物专家模拟重复单元库）现已包含超过300万个重复单元。最新版本：2025-07-28
叔叔
新增了对精确地层热计算的支持
训练集流程图信息的显示得到了增强
新增了从前一阶段、作业或UNCLE结构列表恢复集群扩展优化的功能
模型中所有元素的参考能量现在自动计算，确保所有列举结构的地层热准确
空置抽样范围现在可以从“无空置”到定义的入住率，或从“仅有空置”到定义的入住率
训练集流程图的状态会显示在界面中
优化阶段
计算属性阶段
所有UNCLE阶段的总体改进
分析
二元基地状态图分析（UNCLE）
新增了一个控制键，可以在“总能量”、“伪热量”和“热量”之间切换
已新增支持从“计算属性”阶段绘制带有颜色编码属性的数据
随机混合能量曲线在可用时绘制出来
高分辨率屏幕支持得到了提升
蒙特卡洛温度曲线
对高分辨率屏幕的支持得到了提升
能带结构与声子色散图
引入了样式面板，允许自定义测量线、费米线和轴的颜色、比例和大小。绘制范围和轴的位置可以微调，背景颜色也可以更改。样式可以重置、保存或加载
对高分辨率屏幕的支持得到了提升
相似性分析（NEW）
列表（sli、fts、trj）的结构相似性可以通过检查
可以生成更小的子集，包括代表结构
作为交互式构建器和流程图阶段实现
旋转半径（新）
计算MD轨迹或结构列表中选定分子的旋转半径
作为交互式构建器和流程图阶段实现
几何分布（新）
计算选定原子子集（单原子、对原子、三重态）的距离、角度和扭转
作为交互式构建器和流程图阶段实现
宪法描述符列表更新为包含Joback和P3C描述符
JobServer & TaskServer
TaskServer SLURM 封装脚本：引入了监控功能，用于跟踪提交任务在 SLURM 队列中的状态，确保顺畅执行
大文件传输到JobServer的增强功能
闪电小编说明：
对相关专业人士来说，它是更具优势的专业解决方案，在材料方面有着独一无二的功能和优势，优化后的工作流程来加快材料的分析、实验的设计以及建模和模拟操作，更好的预测过程，优化实验方案，理解、指导和加速整个新材料的开发和筛选过程，节约资源的同时，提高生产力，让研究人员更具信心地进行下一步。
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