软件标签：Cresset-BMD Flare
Cresset-BMD Flare是用于基于配体和结构的药物设计的绝佳解决方案，让药物研究、开发设计人士能够仔细地检查配体，深入了解其蛋白质靶标和配体，放心地进行先导化合物优化。现在用户不需要花费大量的时间就能获得优化的结果，更具信心地制定决策，准确地计算和简单地操作，便捷地沟通，Flare V10在最新解决方案中带来Spark生物等排体替换、同源建模、集成 MM/GBSA 等一系列新增和改进，为所有用户带来了新的和增强的科学功能和方法。
2、安装程序，勾选如下选项
3、安装文件夹设置
4、复制Cresset BMD文件夹到安装目录中
如果需要创建系统环境：cressetbmd_LICENSE并指向.lic！
新功能
Flare V12，该版本引入了一系列新功能和增强，旨在提升计算药物发现工作流程的效率、准确性和范围。
本次发布重点是推动自由能微扰（FEP）方法的发展，同时扩大可自信建模的生物系统范围。这些更新共同使研究人员能够探索更复杂的设计挑战，更快地产生结果，并在药物发现流程中做出更明智的决策。
1、显著增强的相对发作FEP
本版本显著扩展了相对耀斑FEP的适用范围，包括破环变换，以及更快的计算速度和更高的预测准确性。
·在单次转化中模拟复杂分子变化
Flare V12 引入了对断环变换的支持，支持支架跳跃、环尺寸修改以及饱和环与不饱和环之间的互换，以及循环结构和无环基的转换。换句话说，它能够在单一转化通路中建模复杂的分子变化。
·采用新型FEP发动机和“双系统”链路后，计算速度更快
Flare V12采用了新的FEP发动机（SOMD2）以实现相对FEP，性能显著提升，计算速度约快了20%。新发动机与新的“双系统”FEP链路结合，实现计算速度超过2倍。
通过“两系统”FEP链路，仿真从变换的两个端态开始，向相邻的λ窗口推进，在炼金路径的中间相会。为确保该路径上的采样和收敛，采用副本交换，允许窗口间交换配置并改善状态间的重叠。
通过将之前FEP发动机所需的独立正向和反向扰动（molA → molB和molB → molA）合并为单一工艺，Flare V12提高了统计效率，同时将完成变换所需的时间减半。
·通过复制交换和GCMC提升预测准确性
当复制交换集成到FEP工作流中时，使被研究系统能够探索更广泛的配置，提升收敛性，从而实现更可靠的自由能估计，尤其适用于灵活或具有挑战性的系统。哈密顿量复制交换[2]和含溶质回火的复制交换（REST2）[3]现已在Flare V12中提供。
哈密顿复制交换通过尝试在邻近的λ窗口内“交换”配置、评估系统的势能以及使用大都会接受准则来实现。因此，在一个λ窗口采样的构象可以传播到其他窗口，从而改善邻近态之间的重叠，并提升自由能估计的整体效率。
REST2引入了一个新维度——有效温度。通过提高分子炼金区域的温度，可以采样更多构象，系统得以采纳原本不会被探索的构象。
在FEP计算中启用GCMC水样[4]，对于溶剂效应至关重要的系统来说，可以通过更准确地表示溶剂行为，从而显著提升精度。该方法在埋藏结合位点且不易被散装水接触的系统中尤为重要。GCMC将利用大都会准则，尝试在GCMC球内插入水分子，从而更真实地呈现炼金区域周围的溶剂环境。此外，在水分位移导致结合的情况下，GCMC的预测更为准确。
2、共价配体和非天然残基的分子动力学模拟
分子动力学的适用范围在Flare V12中得到了显著扩展，以支持肽配体和靶蛋白中共价配体和非标准残基的模拟，包括翻译后修饰。
Flare V12 引入了对修饰残基参数化的支持，使得在标准工作流程中处理包含翻译后修饰（PTMs）、非标准氨基酸和共价配体的蛋白质成为可能。这在许多情况下消除了手动参数开发的需求，使这些系统能够更无缝地融入分子力学仿真中。
这得益于基于开放力场倡议中开发的自动化工作流程，用于处理翻译后修正[5]。在这种方法中，蛋白质和小分子力场组分结合，确保修饰残基与其周围蛋白质环境完全兼容。与标准氨基酸共享的骨干项由AMBER FF14SB力场推导出来，其余参数则通过OpenFF Sage力场分配。原子电荷通过AshGC电荷模型生成，提供了对修改后系统的一致描述。
除了这些建模改进外，还进行了更新以简化Dynamics工作流程。当残留物通过编辑功能被修改时，退出编辑器时其名称会自动更新。这避免了修饰残基保留标准氨基酸名称的问题，否则在动力学计算中可能导致错误。因此，系统准备更加稳健，且需要更少人工干预。
3、分离计算的用户体验增强
Flare 最新版本在分离计算处理方面引入了多项改进，为长期运行的作业提供了更大的灵活性和控制力。计算现在可以随时取消，所有在此阶段生成的结果都可以直接在Flare中下载和分析。这使得能够更有效地监控进展，并提前做出决策，而无需等待计算完全完成。
这些改进对于计算密集型工作流程尤其有价值，比如长分子动力学模拟。例如，用户可以中断动力学模拟以评估系统稳定性、检查中间轨迹，或验证系统是否如预期表现。这减少了在可能需要调整的计算上投入大量计算时间的风险，并支持更迭代和响应迅速的仿真工作方式。
Flare V12还通过MolGenAI实现了生成化学的独立计算，提升了方法的可用性，同时通过创建自定义参数实现动力学和FEP，使你能够以最适合分子系统的参数进行长时间计算。
4、用Flare V12加速你的研究
Flare V12 加强了 FEP 在平台上的作用，同时拓宽其适用于更复杂系统和变换的领域。这些改进旨在帮助研究人员更高效地生成可靠预测，并支持在更广泛的药物发现挑战中做出决策。
功能特色
1、基于配体的药物设计软件组件
基于配体的药物设计者利用 Flare 根据分子的形状、静电和结合活性对其分子进行仔细检查、比较和确定优先级。通过预测新化合物的活性和 ADMET 特性的强大 QSAR 模型，用户可以在整个潜在客户组合中建立信心和理解。
2、基于结构的药物设计软件组件
借助多种方法，包括对接和评分、静电互补性™、分子动力学、口袋分析和水分析（GIST 和 3D-RISM），基于结构的药物设计人员可以获得对蛋白质-配体结合的新见解。基于围绕配体和蛋白质静电的既定专有方法，结合我们自己的内部和开源研究，用户能够充分了解其目标结构的特征和相互作用。
3、Flare 中的 Spark
通过无缝访问 Flare 的 Cresset 生物等排体替代解决方案 Spark™，进一步简化您的分子设计工作流程并提高您的生产力。
4、Flare 扩展和集成
借助 Python API，Flare 功能是完全可自定义和可扩展的。无论是通过开发自己的扩展，还是希望包含 Cresset 的预制扩展之一，Flare 的 Python 集成都提供了对各种新功能和专用菜单的访问。Flare 还与 DMTA 协作工具 Torx 无缝连接，以简化整个 DMTA 周期的协作。
安装激活教程
1、安装包如图所示2、安装程序，勾选如下选项
3、安装文件夹设置
4、复制Cresset BMD文件夹到安装目录中
如果需要创建系统环境：cressetbmd_LICENSE并指向.lic！
闪电小编说明：
Flare通过高分辨率 3D 可视化和对靶结构和潜在配体的深入分析，Flare 使用户能够高效且有效地优化新分子并确定其优先级。全新的CADD解决方案，包括同源建模，为无法获得晶体学信息的蛋白质靶标创建可靠的 3D 模型，在动力学轨迹上集成分子力学/广义出生表面积 （MM/GBSA） 以估计结合自由能，在 Flare 中完全整合 Spark，以及增强的蛋白质制备。通过仔细检查广泛的想法组合并应用各种方法，可以将大量分子简化为一个小集合，只允许将最好的分子移交给实验室实验。结果不仅大大减少了时间、精力和实验室资源，而且在后期药物开发中也有最大的成功机会。
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