PEAKS®Studio 13.0 是功能强大的下一代工作室平台，蛋白质鉴定和定量软件，PTM和变体搜索解决方案，提供先进的算法和强大的功能，使用最新的 PEAKS 算法进行所有分析，包括数据加载/细化、鉴定和定量。研究在特定时间、特定生物条件下，在给定类型的细胞、组织或生物体中表达的蛋白质。鸟枪法（或自下而上）蛋白质组学是最常用的基于 MS 的方法，通过在 MS 分析之前将蛋白质消化成肽来研究蛋白质。 一个软件平台，具有用于发现和靶向蛋白质组学的完整解决方案，包括蛋白质鉴定和定量、翻译后修饰 （PTM） 和序列变异（突变）分析以及肽
白质从头测序。 ，欢迎有需要的用户来本站下载体验~！
PEAKS Studio 13 提供完整的自下而上的蛋白质组学解决方案，具有更高的准确性、灵敏度和速度。PEAKS为各种应用更新了工作流程，例如深入的经典和非经典肽和蛋白质鉴定，使PEAKS成为独特的解决方案。从 DDA 到 DIA 数据支持，PEAKS Studio 13 提供了一个全面的解决方案，将您的研究提升到新的高度！
联系1400155802@qq.com
官网：https://www.deepproteomics.cn/contactus/
白质从头测序。 ，欢迎有需要的用户来本站下载体验~！PEAKS Studio 13 提供完整的自下而上的蛋白质组学解决方案，具有更高的准确性、灵敏度和速度。PEAKS为各种应用更新了工作流程，例如深入的经典和非经典肽和蛋白质鉴定，使PEAKS成为独特的解决方案。从 DDA 到 DIA 数据支持，PEAKS Studio 13 提供了一个全面的解决方案，将您的研究提升到新的高度！
软件特色
1、肽/蛋白质鉴定
从头测序。
使用新的深度学习增强进行数据库搜索，以最大限度地提高肽 ID 效率。
DIA 工作流程（光谱库搜索 + directDB + de novo）。
新功能：使用具有更高灵敏度和准确性的 DIA 数据（包括具有短梯度的 DIA）进行直接数据库搜索。
增强型基于深度学习的技术，用于预测光谱、保留时间和碰撞截面值。
具有 500+ 修饰的翻译后修饰 （PTM） 搜索。
序列变异和突变搜索。
新：基于 DeepNovo 的免疫肽组学肽组学肽组工作流程：将同源性搜索与 de novo 集成在一起，以改善 FDR 控制下的 HLA 肽组学。
新品：PEAKS聚糖模块可实现高灵敏度和准确的糖蛋白组学
2、卓越的无标记和标记定量
无标签和基于标签：TMT（MS2、MS3）/iTRAQ、SILAC、18D 标签、ICAT、用户定义。
可以使用热图、相关性曲线和提取离子色谱图 （XIC） 可视化定量结果。
3、易于使用的界面和卓越的结果可视化
详细且易于使用的图形用户界面 （GUI），用于查看、过滤和验证结果。
光谱库查看器，用于在使用前评估质量并验证库。
以可视化方式呈现的统计计算，以评估原始数据和/或结果的质量。
LC-MS/MS热图可全面显示肽特征、MS/MS谱图采集以及相对于质量过电荷（m/z）、保留时间（RT）、补偿电压（CV）、离子淌度（1/k0）和信号强度的鉴定位置。
4、供应商中立，并经过微调以利用最新的 MS 技术
PEAKS 和 DeepSuite 的新功能
高灵敏度 DIA：简化、准确、快速
糖蛋白质组学和糖组学：使用GlycanFinder进行高级结构鉴定
Proteoform Characterization：统一的自上而下和自下而上的工作流程
新抗原发现：组学驱动的免疫治疗见解
DeepSuite Lab 服务：AI 驱动的专家分析，用于肽段鉴定、从头测序等
软件功能
🧪 肽白质鉴定
使用 FDR 对照改进了 DeepNovo 测序。
通过深度学习提升从头辅助数据库搜索，以最大限度地提高肽鉴定效率。
DIA 工作流程 （Spectral Library Search + directDB + de novo）。
加快 CPU 和 GPU 资源的分析时间。
增强了直接数据库搜索的灵敏度和准确性。
增强的基于深度学习的技术，用于预测谱图、保留时间和碰撞截面值。
混合 DIA 和靶向蛋白质组学解决方案。
翻译后修饰 （PTM） 搜索具有 500+ 内置和/或定制修饰，并且能够使用特征离子和中性丢失来提高修饰肽的可信度。
序列变异和突变搜索。
基于 DeepNovo 的免疫肽组工作流程：集成的经典和非经典数据库搜索、同源搜索和 DeepNovo，用于通过 FDR 控制改进 HLA 肽组学。
DIA Peptidome 工作流程。
卓越的免标记和标记定量
无标签和基于标签：TMT（MS2、MS3）/ iTRAQ、SILAC、18D 标签、ICAT、用户定义。
定量结果可以使用热图、相关图和提取离子色谱图 （XIC） 进行可视化。
易于使用的界面和卓越的结果可视化
详细且易于使用的图形用户界面 （GUI） 用于查看、筛选和验证结果。
光谱库查看器，用于在使用前评估质量并验证库。
统计计算以可视化方式呈现，以评估原始数据和/或结果的质量。
LC-MS/MS 热图可全面显示肽特征、MS/MS 谱图采集以及相对于质量过电荷 （m/z）、保留时间 （RT）、补偿电压 （CV）、离子淌度 （1/k0） 和信号强度的鉴定位置。
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供应商中立，并经过微调以利用最新的 MS 技术
PEAKS IMS 附加模块：支持离子淌度质谱蛋白质组学（timsTOF Pro、FAIMS）。
针对每种仪器和碎裂类型微调的算法，以确保最佳的准确性和灵敏度。
全面支持 DDA 和 DIA，用于鉴定和定量分析。
白质鉴定使用 FDR 对照改进了 DeepNovo 测序。
通过深度学习提升从头辅助数据库搜索，以最大限度地提高肽鉴定效率。
DIA 工作流程 （Spectral Library Search + directDB + de novo）。
加快 CPU 和 GPU 资源的分析时间。
增强了直接数据库搜索的灵敏度和准确性。
增强的基于深度学习的技术，用于预测谱图、保留时间和碰撞截面值。
混合 DIA 和靶向蛋白质组学解决方案。
翻译后修饰 （PTM） 搜索具有 500+ 内置和/或定制修饰，并且能够使用特征离子和中性丢失来提高修饰肽的可信度。
序列变异和突变搜索。
基于 DeepNovo 的免疫肽组工作流程：集成的经典和非经典数据库搜索、同源搜索和 DeepNovo，用于通过 FDR 控制改进 HLA 肽组学。
DIA Peptidome 工作流程。
卓越的免标记和标记定量无标签和基于标签：TMT（MS2、MS3）/ iTRAQ、SILAC、18D 标签、ICAT、用户定义。
定量结果可以使用热图、相关图和提取离子色谱图 （XIC） 进行可视化。
易于使用的界面和卓越的结果可视化详细且易于使用的图形用户界面 （GUI） 用于查看、筛选和验证结果。
光谱库查看器，用于在使用前评估质量并验证库。
统计计算以可视化方式呈现，以评估原始数据和/或结果的质量。
LC-MS/MS 热图可全面显示肽特征、MS/MS 谱图采集以及相对于质量过电荷 （m/z）、保留时间 （RT）、补偿电压 （CV）、离子淌度 （1/k0） 和信号强度的鉴定位置。
供应商中立，并经过微调以利用最新的 MS 技术PEAKS IMS 附加模块：支持离子淌度质谱蛋白质组学（timsTOF Pro、FAIMS）。
针对每种仪器和碎裂类型微调的算法，以确保最佳的准确性和灵敏度。
全面支持 DDA 和 DIA，用于鉴定和定量分析。
PEAKS 12.5DIA
LFQ支持high precision和high accuracy两种模式
DDA DeepNovo
Peptidome workflow将蛋白质组学和基因组学结合
支持具有基因位点的非标准参考序列库
使用 GraphNovo 算法和 FDR 质控提升DeepNovo 多肽测序流程
基于特征峰的LFQ
SPIDER新增可信修饰位点判定
支持DeepNovo DIA 多肽组工作流程
PEAKS Studio新增靶向蛋白质组学数据分析功能（PRM、HybridDIA）
新功能
PEAKS Studio 13 引入了重新设计的 DDA 和 DIA 工作流程，通过增强的算法提供简化和用户友好的体验。PEAKS DIA 提供极具竞争力的处理时间和更高的性能，通过新型肽段和序列变体获得深入的数据洞察。现在，DIA 还可以通过新的“特征”选项卡获得完整的结果透明度。请检查下面的所有新功能！
无与伦比的 DIA 性能
我们增强的 DIA 解决方案将加速您的发现，确保准确和全面的结果，从而提供复杂的生物学见解！
完整的结果透明度
的 New Feature 选项卡概述了与每个 DIA 识别步骤的所有特征关联，并允许用户调查、验证和确认结果。
使用序列变体和新型肽解锁暗蛋白质组
在人类和小鼠数据库中搜索人类胰蛋白酶消化物，在数据库搜索中鉴定出人类肽段，而使用新的 DIA SPIDER 作为突变物鉴定小鼠肽段：
其他新功能
PEAKS DIA Proteome
PEAKS DIA Peptidome
PEAKS DDA
Transition List Generator Tool
PRM Quantification
PEAKS: Advanced Proteomics SolutionPEAKS is a specialised tool that offers unrivalled peptide identification rates driven by deep learning technology integrated with library search, direct database search and de novo sequencing. PEAKS 13 supports data-dependent and data-independent acquisition analyses (DDA and DIA respectively) and ion mobility mass spectrometry (IMS-MS) with the IMS add-on module. As a vendor-neutral computing platform, PEAKS is capable of directly loading raw mass spectrometry data and standard data formats. Deploy the PEAKS workflows to identify the presence of peptides and proteins in your project for 1) DDA data analysis including de novo sequencing, PEAKS DB (database search) identification, PEAKS PTM (post translational modification) analysis, SPIDER homology search and PEAKS DeepNovo Peptidome (specialised workflow for peptidomics data) and 2) DIA data analysis including PEAKS DIA Workflow (spectral library search, direct database searching and de novo sequencing),and DeepNovo-DIA Peptidome.Quantification analysis by labelling and label-free quantification (LFQ) can also be performed using the PEAKS Q add-on module. Intuitive result visualisation tools are provided at every stage of analysis and results can be exported. Targeted data analysis includes PEAKS PRM Quantification and Hybrid-PRM/DIA.Newly Redesigned and Streamlined DDA and DIA Proteome and Peptidome Workflows
DDA
DIAWorkflows with common steps are now consolidated into the same workflow. Users can choose which point to finish the analysis and can easily add additional steps later.
Deeper Discovery with Sequence Variantsuence Variants
PEAKS 13 DIA can accurately identify sequence variants and novel peptides from a human dataset via a simulation test where an incorrect mouse database was used to search the human dataset. PEAKS could identify the correct human peptides through sequence variants compared to the mouse database and through the identification of novel peptides [1].
Furthermore, in our latest study [2] we demonstrate the accuracy of our new DIA solution for increased depth through cross-species validation test, addressing critical gaps in existing analytical frameworks:
Enhanced FDR control and result filteringSelecting report filters at both project and sample levels ensures a confident result.
使用 Top3 或 MaxLFQ 进行蛋白质定量
用户现在可以根据自己的研究需求选择 PEAKS DIA LFQ 中使用的定量算法。
具有序列变体的 PEAKS DIA 肽组DIA Peptidome 结合了强大的基于深度学习的 GraphNovo 进行肽段测序和序列变异分析，以提高和更可靠的鉴定结果[3]。LFQ 同时使用数据库找到的肽段和序列变体。
DDA Proteome now allows forlabelled and label free quantification for PEAKS PTM and SPIDER result. Intuitive results nodes combine the results from all steps of the search.
More flexible Targeted Proteomics workflowPEAKS targeted proteomics workflow is optimised for more flexibility and ready-to-use purpose. The workflow is separated into unlabelled and labelled workflow for different application scenarios. PRM PASEF (Bruker) is now supported in PEAKS 13.
通道列表生成器，用于轻松选择目标肽段新的 Transition List Generator 工具是作为发现蛋白质组学和靶向蛋白质组学之间的即用型干扰实现的。用户可以选择/可视化碎片离子和预定的通道。
闪电小编说明：
为发现蛋白质组学提供完整的解决方案，包括蛋白质鉴定和定量、翻译后修饰（PTM）和序列变异（突变）的分析，以及肽/蛋白质从头测序。可使用串联质谱（LC-MS/MS）对复杂蛋白质混合物中的肽/蛋白质进行系统鉴定和定量。使用PEAKS，直接从质谱仪加载原始LC-MS/MS数据（无需先转换数据），并从PEAKS工作流程中进行选择，以执行肽和蛋白质鉴定（如从头测序、数据库和谱库搜索）、PTM和突变表征以及定量。交互式界面还提供了一个详细、易于使用的用户界面，用于数据可视化、结果验证和报告。联系1400155802@qq.com
官网：https://www.deepproteomics.cn/contactus/
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