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PED分析软件 VEDA4 绿色免费版

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  • 更新时间:2019-01-08
  • 软件大小:未知
  • 界面语言:简体中文
  • 授权方式:共享软件
  • 运行环境:Win7/win8/win10
  • 官方网站:闪电软件园

软件标签:VEDA4 
VEDA4绿色免费版是一款PED分析软件,这款实用的化学分析软件为用户提供了丰富的功能来帮助大家快速完成操作,包括笛卡尔坐标中结构的几何形状(原子方向)、笛卡尔坐标中的力场(F矩阵)、计算频率和原子位移矩阵(ADM)等,实用可快速从输出文件中提取数据,以及通过不同的方式进行振动能量的分析,软件绿色无需安装, 解压即可使用,有需要的朋友不要错过了!

功能特色

1、笛卡尔坐标中结构的几何形状(原子方向),
2、笛卡尔坐标中的力场(F矩阵)。
3、计算频率和原子位移矩阵(ADM)
4、VEDA 4自动从Gaussian94 / 98/03输出文件(.log和.fch)中提取必要的数据
5、包含内部坐标集(.dd2)的介绍性文件由VEDA生成,但用户也可以定义自己的集合。
6、VEDA 4可以通过三种方式分析振动能量的分布:
手动编辑Base坐标(借助Alternative坐标),
混合模式程序(可选),
优化程序。

使用说明

1、如果.log和.fmu文件正确,则生成.fmv文件。 .fmv文件在下次分析开始时很有用。然后不需要.log和.fmu文件。
2、编辑.dd2文件时,可以删除模式分配。然后Veda自动生成新的模式。
3、在.fmv(.fmu)文件中添加一行(在文件的末尾):缩放因子= a * x + b(a,b - 数字),然后在.vdf文件中,scalled freqencies是产生。要在编辑器中轻松将结果转换为表格,|添加列分隔符时签名。
4、当Veda在文件夹中找到.mpo文件时,Veda会读取它,或者生成.mpo文件。
5、您可以重新计算一个原子:放置在.fmv(.fmu)文件行中,重新生成原子,然后是两列:旧数字,新数字。如果数字相同,则可以省略。你也可以按相反的顺序写两个:新号码,旧号码。您可以将重新生成的原子放在.dd2文件中,但重写的方法是相反的。
6、编辑.dd2文件时,可以按如下方式引入定义:模式名称后跟2(3,4)个原子编号,例如:1 stre 12 15。
7、您可以在.dd2文件中引入用户坐标。然后,通过在控制框中选择“隐藏用户坐标”,可以在下一次优化中省略用户模式。同样,你可以隐藏其他坐标,例如,stre,bend,tors,out等。
8、坐标的线性相关性:有时Veda会创建一组线性相关的坐标。特别是,这可能发生在非常对称的结构上。 Veda提供了一些方法来解决这个问题:
a)旧版本的.dd2创建(控制框) - 它使用另一种坐标定义方式。当通常的.dd2创建生成太小的坐标集时,此选项也会有所帮助。
b)测试替代品直到TED <999(控制箱)
c)生成.dd2而没有“在平面内”模式的“out”类型的坐标
d)环形坐标 - 用于带环的结构
e)交换坐标组 - 替代.dd2按钮
f)手动编辑坐标 - 对于具有分子间键的结构,它可以是成功的。
g)在绝望的情况下发送.fmv文件。

使用帮助

1、Veda程序生成的所有文件(.dd2; .mpo; .vdf; .ved; .log)都是文本文件。
有关所执行操作的所有信息都将写入skra.log文件。
2、VEDA使用以下高斯输出文件作为其输入文件:
- 名为的文件名:name1.log(或name1.out)
- fch文件(由高斯实用程序从.chk文件创建 - 实用程序选项:formchk)
命名为:file1.fmu
3、创建VEDA输入的另一种方式如下:
-extract形式Gaussian .log文件有关坐标方向,力常数(F矩阵)和频率的信息与原子位移矩阵(ADM-矩阵)
- 将提取保存为.fmt文件(对于VEDA4)。
4、日志文件中的F矩阵前面应该有一行:“笛卡尔坐标中的强制常数”
以上述方式从10原子分子的a1-91.log文件创建示例性a1-91.fmt文件。通过使用“创建DD2”按钮,VEDA4程序生成skra.dd2文件,其中包含以下内容:
“Average coordinate population 1.000
s 1     1.00   STRE    4    7   NH    1.015024
s 2     1.00   STRE    2    1   CH    1.096447
s 3     1.00   STRE    2    5   CH    1.094347
s 4     1.00   STRE    6    8   CH    1.094349
s 5     1.00   STRE    2    3   CH    1.106690
s 6     1.00   STRE    6    9   CH    1.106696
s 7     1.00   STRE    6   10   CH    1.096447
s 8     1.00   STRE    4    2   NC    1.450644
s 9     1.00   STRE    4    6   NC    1.450631
s 10    1.00   BEND    7    4    6   HNC   109.30
s 11    1.00   BEND    1    2    3   HCH   107.21
s 12    1.00   BEND    5    2    1   HCH   107.42
s 13    1.00   BEND    8    6   10   HCH   107.42
s 14    1.00   BEND    3    2    5   HCH   108.14
s 15    1.00   BEND    9    6    8   HCH   108.13
s 16    1.00   BEND   10    6    9   HCH   107.20
s 17    1.00   BEND    6    4    2   CNC   112.81
s 18    1.00   TORS    7    4    2    1   HNCH  -172.65
s 19    1.00   TORS    1    2    4    6   HCNC    65.52
s 20    1.00   TORS    5    2    4    6   HCNC  -176.80
s 21    1.00   TORS    8    6    4    2   HCNC  -183.20
s 22    1.00   TORS    3    2    4    6   HCNC   -54.88
s 23    1.00   TORS    9    6    4    2   HCNC    54.88
s 24    1.00   TORS   10    6    4    2   HCNC   -65.52
****
 9 STRE modes:
  1  2  3  4  5  6  7  8  9
 8 BEND modes:
 10 11 12 13 14 15 16 17
 7 TORS modes:
 18 19 20 21 22 23 24
 19 CH modes:
  2  3  4  5  6  7 11 12 13 14 15 16 18 19 20 21 22 23 24
 0 USER modes:
...”
这是描述拉伸,弯曲和扭转运动的一组内部坐标(表示为STRE,BEND和TORS / OUT)。

常见问题

1、“VEDA中TORS和OUT描述的确切含义是什么?”
TORS ABCD表示ABC和BCD平面之间的二面角
OUT ABCD表示AD矢量和BCD平面之间的角度
在许多情况下,这两个定义可以描述相同的原子运动,但并非总是如此。
在使用VEDA的第一阶段,最重要的是使用线性独立的坐标集开始计算。因此,使用“计算”按钮检查是否满足线性独立性。请注意,在坐标定义中,用于坐标指定的原子标签(两个,三个或四个标签取决于坐标类型)之后放置的所有信息仅起注释作用,并且在编辑定义时可以忽略。
2、“计算中”混合模式“键的功能是什么?”
创建dd2文件后,您最初可以使用相应的混合坐标
自动混合程序(MIX按钮)。它可以影响进一步的优化过程。
混合(或不混合)后,按“放弃混合模式”并进行优化处理(按钮“优化”)。您可以在混合之前选择优化选项,并在优化期间进行更改。您可以在论文中找到有关PED方法的一些信息:M.H。 Jamróz等,Journal of Molecular Structure 787(2006)172-183)。
将正常模式转换为内部模式,是基于分子连通性,导致在内部坐标中表示的力常数矩阵的非对角性。因此,不同模式的PED贡献通过非对角线项相互依赖。因此,重新定义其中一个内部坐标以满足公认的约束通常会损害许多其他模式的PED贡献。因此,需要重新定义其他坐标。这就是PED分析需要重复多次才能获得最大PED值并实现可靠分配的原因。以上方式在VEDA中执行:内部坐标集由另一组坐标替换,并重新计算PED。引入参数(EPm)以表达该组PED值的行为:它是每个模式的最大PED的绝对值之和。现在,如果在内部坐标改变之后EPm参数增加,则接受新的集合。这个程序我们称之为PED分析的优化。虽然程序能够改变内部模式系数,但它们保持等于1.数值上,整个问题随着组合数量的增加而增加,因此PED优化时间随着模式的数量而迅速增加。
请注意,如果某些坐标(在.dd2文件中)没有明确定义,则应尝试编辑该文件。例如,删除复杂定义中的一些贡献,并检查这是否不会影响分析的质量(不要显着降低<EPm>系数)。这是“改变和试验”的方法。因此,您必须为每个坐标单独执行此操作。这是EDIT密钥的主要用途。每次更改后,您必须使用“Reduce coordinate”选项仅使用优化来减少整个坐标集,因为一个坐标的更改通常会导致更改其他坐标的属性。
使用“控制盒”中的某些键可以影响坐标定义,也可以导航优化过程,例如在.dd2文件中定义一些用户坐标,并在控制框中标记“隐藏坐标USER /或NOT USER”只能优化USER(或NOT USER)坐标。
a1-91a.dd2文件是VEDA在优化过程中创建的相同10原子分子的示例性.dd2文件。
注意,对于大型系统,笛卡尔坐标系中的F矩阵不放在高斯日志文件中。因此,对于此类系统,您应该使用.chk文件并通过Gaussian实用程序选项生成fch文件:formchk。
A1-91.fmu示例文件是从.fch(.fchk)文件创建的(将.fch重命名为.fmu就足够了).chk(.fmu)文件包含F矩阵,但不包含ADM -矩阵。因此,要从VEDA分析中获得全部利润,需要将日志文件放在与.fmu文件同名的同一文件夹中。对于A1-91示例,将.fmt文件复制到.log文件就足够了。
在.vdf文件中,您可以找到高斯日志文件中给出的频率的VEDA报告。
如果高斯对数中给出的频率与VEDA大于0.5 cm-1的频率之间存在不一致,则VEDA通过星号*标记vdf中的适当频率。它是1:1的对应关系。
从日志文件引入几何体时,VEDA正在读取第一个遇到的几何体。几何体在屏幕上的VEDA日志中以及skra.log文件中报告。
如果引入非最佳几何,则会出现频率不一致。
因此,如果从高斯日志文件中读取几何,则应切断所有非最佳“输入/标准方向”。例如,将“方向”替换为“方向”就足够了。
使用.fmu文件读取几何体的另一个原因是(由高斯程序从.chk文件创建 - 实用程序选项:formchk)。
您可以在VEDA4e.txt文件中找到一些其他信息。
使用“查看结构”选项时使用:
左鼠(或左移小鼠)旋转分子
右移鼠标移动分子
右鼠标左右方向增加分子
右鼠上下方向增加球。

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